1991年8月，根据《保密法》的有关规定和中央、省有关指示精神，为适应保密工作的需要，市委、市政府研究，报经省编委批准，决定成立秦皇岛市保密局（副处级），挂靠市委办公室，内部不设科室。市委保密委员会办公室与其合署办公，一套机构、两块牌子。

1997年12月，按照省编办《关于解决全省市县（区）保密工作中几个具体问题的通知》（冀机编办〔1997〕63号）文件精神，秦皇岛市机构编制委员会印发了《关于市县（区）保密机构设置有关问题的通知》（秦编〔1997〕71号），明确市保密局（市委保密办）机构规格为正处级。

2002年8月，秦皇岛市机构编制委员会明确市保密局（市委保密办）内设综合科1个职能科室。

2005年12月，秦皇岛市机构编制委员会批准市保密局增设保密技术检查科（秦编〔2005〕99号）。

2015年8月，秦皇岛市机构编制委员会批准市保密局调整机构编制，综合科挂政策法规科牌子，技术检查科更名为监督检查科，增设科学技术科，挂特殊保障科牌子（秦编〔2015〕31号）。

2016年11月，秦皇岛市机构编制委员会批准秦皇岛市保密局更名为秦皇岛市国家保密局（秦编〔2016〕32号）。

2018年12月，组建中共秦皇岛市委保密机要局，作为市委工作机关，对外加挂秦皇岛市国家保密局、秦皇岛市国家密码管理局牌子（秦字〔2018〕27号）